在治疗RA的时候，干细胞可以帮助损伤的组织愈合，减少痛苦，提高运动能力。研究表明，间充质干细胞可减少促炎细胞因子如TNF-α和干扰素-γ（IFN-γ）的产生，同时增加抗炎细胞因子如白细胞介素-10（IL-10）和IL-4的分泌，这些特征表明MSCs可能是治疗RA的新兴治疗选择。研究结果还表明，MSCs可通过抑制Th17细胞，减少炎性细胞因子，上调Treg细胞等不同机制改善RA。

2019年的研究报告了使用间充质干细胞治疗难治性RA患者，所有9名参与者接受静脉注射1 × 10^6个MSC/kg的治疗后，RA的症状均有所改善。同年，合作医院细胞治疗中心进行了一项临床治疗，对64名难治性RA患者进行治疗。这些患者接受40ml的脐带间充质干细胞输注治疗，结果显示血清学标志物和症状有所改善，并且没有严重的不良事件。综上所述，这些数据表明，MSC细胞疗法是RA临床治疗的一种希望，可显著改善患者的临床症状，并能有效的预防疾病进展。

同年，美国纽约州纽约市蒂施多发性硬化症研究中心进行的开放标签临床治疗中，对20例进行性MS患者每12周鞘内注射MSC治疗，共3剂（1 × 每剂量10^7个细胞），临床结果表明鞘内MSC干预安全且耐受性良好。此外，肌肉力量和膀胱功能分别得到改善，并且没有观察到与鞘内MSC治疗相关的严重不良反应或住院治疗。